Egyetemeket alapított Pázmány és Báthory május 12-én
Eleinte két (bölcsészeti és teológiai) fakultással működött a Nagyszombati Egyetem. 1667-ben kezdődött meg az oktatás a jogi, 1769-ben az orvosi karon. Pázmány 1616-os beiktatásakor már komoly oktatói múlttal rendelkezett.
Pázmány korábban huzamosabb ideig Grazban tanított (előbb mint tanulmányi felügyelő, később mint bölcseleti tárgyak előadója, majd vezette a skolasztikai hittudományi tanszéket), a két időszak között részt vett a sellyei rendházban nyitott iskola és papnevelő intézet alapításában és munkájában. 1619-ben kollégiumot alapított Bécsben a magyar lelkészképzés központosítására.
Pázmány úgy tekintette, a majdani egyetem lesz „utolsó szülötte”, ezért mindent megtett, hogy álma a lehető leghamarabb megvalósuljon. 1635 májusában – miután a rend római generálisa áldását adta tervére – Pozsonyba hívta a legtekintélyesebb magyarországi jezsuitákat, hogy megtanácskozza velük az akadémia létrehozásának részleteit. Megállapodtak, hogy Nagyszombatban lesz az akadémia helye, amely Pozsonyhoz hasonló adottságokkal rendelkezett, és egyben érseki székhely is volt. A május 12-ei, bölcsészeti és teológiai fakultással számoló alapítólevelet viszont meglepetésszerűen, saját nevében, saját pecsétjével bocsátotta ki az érsek, holott számos kérdést nem tisztázott még a generálissal, sőt, a nagyszombati kollégiummal sem.
A Kolozsvári Egyetem alapítólevelét is ezen a napon írta alá 1581-ben Báthory István erdélyi fejedelem és lengyel király. Működését a jezsuitákra bízta. Báthory a belpolitikájában a fejedelmi hatalom megerősítésére törekedett: felülvizsgálta a korábbi fejedelmi birtokadományokat, számba vette az állami jövedelmeket, fejlesztette a kereskedelmet és a bányászatot.
Az erdélyi vallási türelmet elődeihez hasonlóan ő sem bolygatta, bár célja a katolicizmus erősítése volt a többségében protestáns fejedelemségben. 1579-ben Kolozsvárra telepítette a jezsuitákat, és mint vallási újítót, a dévai várbörtönbe záratja Dávid Ferenc unitárius püspököt.
A katolicizmus rősítésének szándéka mutatkozik meg abban is, hogy 1581-ben jezsuita kollégiumot alapított Kolozsváron, amely a mai Szegedi Tudományegyetem jogelődje. Udvarában Padovában végzett értelmiségiekkel vette körül magát, innen indult például a Wesselényiek és a Bethlenek felemelkedése is. Maga a fejedelem is kiváló politikai író volt, levelei stílusremekek. Érzékeny lélek lehetett, hiszen a zongora egyik ősén: virginálon játszott, amit saját szobájában tartott. Uralma idején volt az Erdélyi Fejedelemség első virágkora.