Negyedszázaddal később is kérdőjelek övezik Dubèek halálát
1992. szeptember 1-jén, a D1-es autópálya Prága – Brünn szakaszának 88. kilométerszelvényén, Humpolec közelében egy súlyos közúti baleset történt a nedves úttesten. A gépkocsi, amelyben a jelentős szlovák politikus, Alexander Dubèek utazott, az útról lehajtva a szántóföldön végezte. Dubèek éppen a Cseh és Szlovák Föderatív Köztársaság (ÈSFR) Szövetségi Gyűlésére utazott, amikor autóbaleset érte. A balesetben súlyosan megsérült a gerince és a medencecsontja.
A balesetet követően a humpoleci kórházba, majd onnan a prágai Na Homolce kórházba szállították. Az első napokban még tudott az orvosokkal beszélni, a gerincműtétét követően azonban komplikációk merültek fel. Művesére volt szüksége, és lélegeztetőgépre kellett helyezni. Végül 1992. november 7-én elhunyt. A politikust Pozsonyban helyezték örök nyugalomra.
Hirtelen halála kapcsán röviddel Csehszlovákia végleges felbomlása előtt gyilkosságot emlegettek, a vizsgálat azonban ezt soha nem bizonyította. Dubèek gépkocsijának sofőrje állítólag túl gyorsan hajtott a nedves úton. Ugyanakkor a politikus több konspiratív elmélet szerint is valakinek az útjában állhatott. Még ma is sokan csóválják a fejüket magán a rendőrségi vizsgálaton is, amely szerintük nem volt eléggé alapos. A luxus BMW-t a szakértői vizsgálatot követően nagyon gyorsan megsemmisítették, ami lehetetlenné tette a további vizsgálatokat. A gépkocsit vezető, s a balesetet könnyebb sérülésekkel megúszó Ján Rezník gépkocsivezetői gyakorlatának hiánya is szóba került. A bíróság egy év feltétel nélküli szabadságvesztésre ítélte.
Alexander Dubèek az 1968-as prágai tavasz egyik meghatározó egyénisége volt. Nevével összeforrt az emberarcú szocializmus fogalma. A Varsói Szerződés csapatainak csehszlovákiai inváziója, s az azt követő normalizáció évei Dubèeket a háttérbe szorították. 1989 novemberét követően azonban a demokrácia beköszöntének egyik központi alakjává lett. Neve mint lehetséges köztársasági elnök is felmerült, ám végül Václav Havel lett az államfő. Dubèek a Cseh és Szlovák Föderatív Köztársaság Szövetségi Gyűlésének elnöke lett, miközben élesen ellenezte Csehszlovákia kettéosztását és az önálló szlovák állam megalakítását.